施用化肥是农业增产的一项重要措施。但有时也有污染问题。施用化肥对环境造成的污染或影响，大致有3种情况。
1、化肥中含有过量的有害物质造成的污染。由于生产化肥所用的原料含较多杂质，尤其是以工业副产品原料所生产的化肥，往往含量的重金属、无机酸和有害的有机化合物，从而造成对环境的污染。如利用某些矿渣所制的化肥，常含较多的重金属，用亚硫酸造纸废液制造的化肥含亚硫酸，用农药厂废酸制造的过磷酸钙含三氯乙醛等。这些有害物质随着化肥的施用进入农田后，有的会直接危害作物生长，甚至造成造成死亡，有的可被作物吸收而污染农产品，进而危及人体健康。70年代我国山东等地发生大面积的化肥污染危害事件，就是由于施用废酸制造的含过量三氯乙醛的过炮酸钙肥所致。
2、过量施用化肥造成的污染。过量施用化肥，不但降低化肥的增产效益，提高农业生产技术，而且往往会破坏土壤的理化性质，影响作物根系对水分的吸收，诱发土壤中某些必需元素转化为难溶性化合物而导致作物缺素症。污染农产品等，如过量施用氮肥，可使蔬菜中积累大量硝酸盐，硝酸盐在蔬菜贮存过程中又可还原为对人畜健康危害相当大的亚硝酸盐。
3、肥料散失造成的污染。主要表现在由于雨水下渗或流散，以及施肥农田管理不善等原因，使施入田间的化肥污染地表水体及地下水源，造成地表水体的富营养化污染。富营养化污染的水体，藻类大量繁殖，水口溶解氧减少，致使鱼类窒息死亡。造成水体富营养化污染的，主要是氮素和磷素肥。
