食品原料(生鲜肉、解冻肉、生鲜水产品、直接来自地里的蔬菜、水果等)往往携带大量的细菌、病毒和真菌，在加工前必须清洗杀菌。4ppm以上的臭氧水能在几分钟内显著减少或完全消灭原料表面的各种微生物。臭氧水的浓度要依浸泡时间来确定。臭氧水还可以降解果蔬原料中农药化肥残留。畜禽屠宰过程使用臭氧水冲洗酮体、内脏、人手、工具和地面，既可杀灭细菌，同时还可以有效去除异味，改善屠宰车间环境。
2、无菌包装间、无菌实验室、生产车间的空气杀菌消毒
虽然无菌包装间的空气大多已经过滤，但因各种原因，空气中仍然存在很多微生物，甚至大肠杆菌，长期连续使用臭氧空气杀菌系统可以真正保障目标场所的无菌要求，重要的是正确确定臭氧的浓度以及系统的工作时间，并做到让臭氧在场所内均匀分布，以满足有效杀菌而不影响人员工作的目的。
食品直接暴露在空气中的加工车间，其空气清洁卫生极其重要，化学喷雾或熏蒸的方法可能污染食品，紫外线灯除杀毒空间受到局限外，其杀菌效果受高湿环境和空间高度的影响而大打折扣。均匀分布、浓度适中的臭氧非常有效地解决了大空间的加工车间日常杀菌消毒的问题，不影响生产，无需专人管理。可根据不同生产班次安排确定适宜的系统工作程序。
3、冷藏间、冷藏库的卫生消毒
臭氧水可用于对空库地面、墙壁及搁物架，盛物箱进行彻底清洗消毒。臭氧空气杀菌系统能有效抑制库内各种微生物孳生，及时杀灭空气中传播的各种病菌，防止食品霉变腐烂。
对于放置有裸露食品的冷库，可以适当延长系统的开机时间。维持较高的臭氧浓度。
4、更衣室、工作服消毒
食品加工、冷饮、生化制药等部门对工作服消毒要求很高。工作服消毒经常采用高压消毒法，这在食品行业是难以做到的。在食品厂家中，多用紫外照射消毒工作服，但紫外线法的消毒效果很差。利用臭氧对工作服消毒，是高效、经济、简便的方法。对工作服进行臭氧消毒，在封闭房间内将衣服用衣架挂起，湿度调整到RH80%～90%，臭氧浓度达到2-10ppm，停机封闭几小时后，细菌总数杀灭率90%以上。食品行业如每天下班后消毒工作服，在100立方米封闭房间内挂上几十件工作服，在地上洒些水。如利用3g/h发生器开机3-4小时即可达到90%以上的消毒效果。
5、对食品行业用水的消毒
水是食品的成分之一。同时，水也是一种食品污染源，利用臭氧处理的水作为生产用水既灭活了微生物，同时可除去水臭、水的色泽以及铁和锰，尤其适合作为饮料用水。
