煤炭资源税改革之所以一直遭遇阻力，主要是人们担心煤炭从价计征税率改革将显著增加煤炭产品税负。此前，煤炭企业需缴纳包括价格调节基金在内的一些收费基金，存在费重税轻、税费结构不合理、重复征收等问题。中国煤炭工业协会估算，煤炭企业各种税费的负担占销售收入21.03％，各种行政性收费负担占14.01％，合计35.04％。
理顺煤炭领域繁杂且沉重的税费和基金，正费清税、提税减费一直是煤炭资源税改革的一大重点及难点。此轮煤炭资源税改革按照清费立税、减轻煤炭企业税费负担的原则，将清除不符合法律的税费和基金。
《关于全面清理涉及煤炭原油天然气收费基金有关问题的通知》还专门指出，取消山西省的煤炭可持续发展基金，青海省的原生矿产品生态补偿费，以及新疆维吾尔自治区的煤炭资源地方经济发展费。此外，还对不同煤矿采取区别对待的原则。如，对衰竭期煤矿开采的煤炭，资源税减征30％。
但是，专家也指出，由于这些费和基金占一些煤炭大省财政收入的比重过大，要想真正清理并非易事。
