厌氧系统启动步骤：
起始阶段--反应池负荷从0.5-1.0kgCOD/m³d或污泥负荷0.05-0.1kgCOD/kgVSS·d开始。进入厌氧池消化降解废水的混合液浓度COD不大于5000mg/L，并按要求控制进水，最低的COD为1000mg/L。进液浓度不符合应进行稀释。进液时不要刻意严格控制所有工艺参数，但应特别注意乙酸浓度，应保持在1000mg/L以下。进液采用间断冲击形式，即每3～4小时一次，每次5到10分钟，之后逐步减断间隔时间至1小时，每次进液时间逐步增长20～30min。起始阶段，进水间隔时间过长时，则应每隔1小时开动泵对污泥搅拌一次，每次3～5min。
启动第二阶段--当反应器容积负荷上升到2-5kgCOD/m3d时，这一阶段洗出污泥量增大，颗粒污泥开始产生。一般讲，从第一段到第二段要40d时间，此时容积负荷大约为设计负荷的50%。
启动的第三阶段--从容积负荷50%上升到100%，采用逐步增加进料数量和缩短进料间断时间来实现。衡量能否获进料量和缩短进料时间的化验指标定控制发挥性脂肪酸VFA不大于500mg/L，当VFA超过500-1000mg/L，厌氧反应器呈现酸化状态，超过1000mg/L则表明已经酸化，需立即采取措施停止进料，进行菌种驯化。一般来讲第二段到第三段也需30-40d时间。
影响因素：
温度：按三种不同嗜温厌氧菌（嗜温5-20℃ 嗜温20-42℃ 嗜温42-75℃）工程上分为低温厌氧(15-20℃)、中温厌氧（30-40℃）、高温厌氧（50-60℃）三种。温度对厌氧反应尤为重要，当温度低于最优下限温度时，每下降1℃，效率下降11%。在上述范围，温度在1-3℃的微小波动，对厌氧反应影响不明显，但温度变化过大（急速变化），则会使污泥活力下降，度产生酸积累等问题。
pH：厌氧水解酸化工艺，对pH要求范围较松，即产酸菌的PH应控制4-7℃范围内；完全厌氧反应则应严格控制pH，即产甲烷反应控制范围6.5-8.0，最佳范围为6.8-7.2，pH低于6.3或高于7.8，甲烷化速率降低。
氧化还原电位：水解阶段氧化还原电位为-100～+100mv，产甲烷阶段的最优氧化还原电位为-150～-400mv。因此，应控制进水带入的氧的含量，不能因以对厌氧反应器造成不利影响。
营养物：厌氧反应池营养物比例为C:N:P=(350-500):5:1。
有毒有害物：抑制和影响厌氧反应的有害物有三种。
（1）无机物：有氨、无机硫化物、盐类、重金属等，特别硫酸盐和硫化物抑制作用最为严重；
（2）有机化合物：非极性有机化合物，含挥发性脂肪酸(VFA)、非极性酚化合物、单宁类化合物、芬香族氨基酸、焦糖化合物等五类。
（3）生物异型化合物：含氯化烃、甲醛、氰化物、洗涤剂、抗菌素等。
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