据中国科学院西双版纳热带植物园官方网站消息，该园联合华南农业大学和北京脑科中心，收集了全球共享到GISAID EpiFluTM数据库中覆盖四大洲12个国家的93个新冠病毒样本基因组数据(截至2月12日)，通过全基因组数据解析发现：武汉华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其它地方传入。
93个样本包含58种单倍型，演化关系显示，单倍型H13和H38是比较“古老的”单倍型，通过一个中间载体(mv1，可能是祖先单倍型，也可能是来自中间宿主或“零号病人”)与蝙蝠冠状病毒RaTG13关联，并通过单倍型H3衍生出单倍型H1。
研究人员称，与华南海鲜市场有关联的患者样品单倍型都是H1及其衍生单倍型H2，H8-H12，而一份武汉样品单倍型H3与华南海鲜市场无关。可见，华南海鲜市场的新冠病毒是从其它地方传入，再在市场发生快速传播并蔓延。另根据病患发病时间记录和种群扩张时间推断，也印证了华南海鲜市场不是病毒发源地的推论。
此外，研究人员对H13和H38的病毒样品溯源发现，分别来自深圳的病患(广东首例)和美国华盛顿州的病患(美国首例)。他们的旅行记录表明都是2019年12月底至2020年1月初在武汉被感染。现有武汉样本中没有检测到H13和H38单倍型。
研究还显示，新冠病毒在2月12日前发生过2次明显种群扩张：一次是2019年12月8日，该结果暗示病毒可能在12月初，甚至11月下旬已开始人际传播，随后在华南海鲜市场加快；另一次种群扩张发生在1月6日。
值得一提的是，为细分来源，研究人员将58种单倍型分成五组，包括3个古老超级传播者单倍型(H1,H3和H13)和2个新的超级传播者单倍型(H56和mv2)。以此鉴别出广东的病毒可能有三个来源，重庆和台湾的病毒有两个来源。有较多样本的澳大利亚、法国、日本和美国，患者感染源至少有两个，尤其是美国包括了五个来源。特别值得关注的是H56这个超级传播者单倍型，同时是澳大利亚、法国和美国以及中国台湾患者的传染源。
研究还表明，新冠病毒基因组没有发生重组事件。
