为保证全市居民用水质量，上海城投原水有限公司通过建立“实验室监测、在线监测、移动监测”的“三监联动”水质监测机制，对水库原水水质实施365天全过程监控，并及时将相关水质信息报送行业监管部门、告知下游水厂，为水厂及时调整制水工艺参数提供依据。
值得注意的是，上海不仅注重化学指标安全，更加把以蓝藻为代表的生物指标作为水质安全的重要标志，上海城投原水有限公司下辖的长江原水厂是上海中心城区原水系统之一，其使用的在线藻分类仪能检测水体中藻类的现存量、藻类密度和个数，对预测水体富营养化的产生及其潜在危害和实施有针对性地防控措施具有重要价值，为制定经济合理、切实可行的预防治理措施提供了数据参考。长江原水厂使用的在线藻分类仪由上海宝怡环境科技有限公司提供，其引入德国先进技术，在藻类监测领域具有30多年的研发历史。
在做好水质监测预警的同时，上海还注重优化改进水生植物种植，充分发挥水生植物吸收水体氮磷营养盐等水质净化功能，以及为动物提供生境、固定边坡与底质等重要生态功能，打造小型生态水源地的样板，确保供水水质优良、安全和稳定。
