第二轮第三批中央生态环境保护督察于2021年3月底全面启动，对山西、辽宁、安徽、江西、河南、湖南、广西、云南实施督察进驻。
4月9日，8个中央生态环境保护督察组全部实现督察进驻。
截至4月21日，各督察组均已进入下沉工作阶段。
截至4月28日，各督察组基本完成省级层面和下沉阶段督察工作。
在此期间，生态环境部几乎全程公开和曝光了多个典型案例，包括不作为、慢作为，不担当、不碰硬，敷衍应对、弄虚作假等一批问题。其中涉及到非法侵占保护区、粗放开采问题、小型垃圾焚烧炉长期未取缔、生活污水管网建设滞后、污水超标排放如长江等，均被生态环境部公开通报。
8个督察组深入一线、深入现场，查实了一批突出生态环境问题，各省区都高度重视。
山西省晋中市组成工作专班，深入企业核查，在全市开展生态环保百日攻坚行动，进一步强弱项、补短板；
辽宁省铁岭市第一时间召开市委常委会研究整改工作，邀请专家会诊，并启动问责调查程序，启动凡河新区污水管网改造工程和污水处理厂改造工程；
安徽省滁州市及凤阳县组织逐户逐人调查，委托第三方规范处置固体废物，并启动污染地块调查；截至4月17日，摸排非法机动车拆解点179户；
江西省成立工作专班，进驻抚州市进行督办，印发紧急通知，全面开展工业园区未批先建和铜加工、化工等重污染企业隐患问题专项排查整治行动；
河南省郑州、开封等市成立调查组和专案组，对前期排查的“占地造湖”项目开展回头看；通过采取临时措施，马家河北支河道部分河段初步实现灌溉功能；
湖南省湘潭市组织对全市8家港口码头企业生态环保问题开展大排查、大管控、大整治行动；
广西崇左市拆除偷排管道，开挖埋设污水管网，启动建设3个污水提升泵站，实施截流工程，开展管网普查、疏通；
云南省对相关产业园区污水处理等情况进行排查，对各级河长履职尽责、河长制责任压实等情况进行全面检查。
据悉，云南昆明市针对督察组反馈的长腰山片区问题，正在抓紧推进建筑拆除、面山绿化、植被恢复工作——滇池85号界桩滇池一级保护区内的270米道路已于4月27日恢复为绿带；截至5月9日，已拆除74.4%的建筑，计划月底全部拆除。昆明市明确表示，将对滇池流域生态环境问题进行一次全领域、拉网式的彻底排查。
同时，截至5月8日，中央生态环保督察组移交安徽办理的前30批3630件信访件，已办结1422件，责令整改1497家，立案处罚236家，罚款683万元，立案侦查9件，行政拘留6人，刑事拘留9人，约谈417人，问责25人。
截至5月10日，中央第五生态环境保护督察组向河南省交办的第二十四批177个群众举报件，已办结125件、阶段性办结52件。
截至5月10日，中央生态环境保护督察组交办山西省的31批3092件举报生态环境问题，已办结24批2417件。合计责令整改564家，立案处罚358家，罚款7680.53万元，立案侦查9件，拘留20人，约谈150人，问责94人。
