水质基准是确定水环境管理标准的科学基础，也是开展水环境风险监控及评估管理的科学依据。水专项实施前，水环境标准都是依据国外基准值制定，实施污染物总量控制制度，造成水质改善与污染源减排相脱节；由于缺失本土化基准，导致水环境“过保护”或“欠保护”。针对上述问题，“十三五”水专项“流域水环境基准与标准制定方法技术集成”课题积极开展适合我国国情的流域地表水质基准制定技术研究，涵盖了保护水生生物基准、沉积物质量基准、水生态学基准及人体健康水质基准的制定、校验及标准转化等关键方法技术，为国家水质标准制修订、环境质量评估、环境风险评估等提供技术支持。
流域水体沉积物质量基准以保护底栖生物为主要目标，并保障水体底泥沉积物中污染物的生物累积及迁移效应不会危害生态系统各营养级生物及水体的正常功能。经课题组多年探索研究，形成了以底栖生物物种敏感度分布法（SSD）为主选方法，以生物效应法、相平衡分配法、评价因子法等为备选方法的沉积物质量基准推导制定技术，可满足不同条件下流域水环境沉积物基准制定的需求。水生态学基准主要用于保障流域水体生态系统结构和功能的完整性和稳定性。经过多年的实地应用校验研究，课题组研究人员将参照状态法、综合指数法、频数分布法及压力-响应关系法等水质基准推导方法相结合，探索提出了适合于我国流域水体特征的水生态学基准制定方法，包含基于水生态完整性的压力-响应法和频数分布法，可为河流、湖库及河口水体的水生态学基准制定提供参考。
2020年10月10日，课题编制的《沉积物质量基准制定技术指南》（T/CSES11-2020）、《沉积物质量基准校验技术指南》（T/CSES12-2020）、《水生态学基准制定技术指南》（T/CSES13-2020）及《水生态学基准值现场校验技术指南》（T/CSES14-2020）4项标准由中国环境科学学会发布，为准确制定我国流域地表水环境质量相关基准及标准提供科学依据。
