作为我国第一部流域专门法律，长江保护法草案二审稿（以下简称草案二审稿）10月13日提请十三届全国人大常委会第二十二次会议审议。草案二审稿充实、完善了有关长江保护的保障支持和监督措施，从加大财政转移支付力度、鼓励开展横向生态保护补偿、鼓励社会资本建立生态保护补偿基金等方面，完善长江流域生态保护补偿机制。
草案二审稿规定，国家建立长江流域生态保护补偿制度。国家加大财政转移支付力度，对长江干流及重要支流源头和上游的水源涵养地等生态功能重要区域予以补偿。国家鼓励长江流域上下游、左右岸、干支流地方人民政府之间开展横向生态保护补偿。国家鼓励社会资本建立市场化运作的长江流域生态保护补偿基金；鼓励相关主体之间采取自愿协商等方式开展生态保护补偿。
同时，草案二审稿规定国务院和长江流域县级以上地方人民政府应当加大长江流域生态环境保护和修复的财政投入，并规定国家实行长江流域生态环境保护责任制和考核评价制度。
长江保护工作做得不到位怎么办？草案二审稿规定，国务院有关部门和长江流域省级人民政府对长江保护工作不力、问题突出、群众反映集中的地区，可以约谈所在地区县级以上地方人民政府及其有关部门主要负责人，要求其采取措施及时整改。
长江流域禁捕退捕是保护长江的一件大事。草案二审稿对加强长江流域禁捕执法工作、严厉打击破坏渔业资源和生态环境的捕捞行为作出规定，并在渔业法有关规定的基础上，对违反禁捕规定的行为加重处罚。
此外，对长江流域生态环境保护中反映突出的违法行为，在有关法律规定的基础上，草案二审稿对违反岸线管理、生态环境准入、总磷污染控制、危化品运输等管理规定的行为，有针对性地增加处罚方式，并加大处罚力度。
