在农村环境综合整治过程中，有些乡村或是原居民位于饮用水源地二级保护区内，在对该类型的村庄或是分散居民环境综合整治，特别是生活废水进行综合整治时，能否建设污水处理站。生态环境部6月22日《关于饮用水源地二级保护区问题的回复》给出了明确的答复：
答复全文如下：
关于饮用水源地二级保护区问题的回复
2020-06-22
在进行环境治理的时候，很多饮用水源地二级保护区内都有不少的居民住户，在进行生活污水集中处理的时候，由于地势高低起伏大，生活污水引不出保护区外面，那么在二级保护区能否修建污水处理站。
回复：
一、根据《中华人民共和国水污染防治法》(2017年修订版)第六十六条，禁止在饮用水水源二级保护区内新建、改建、扩建排放污染物的建设项目;已建成的排放污染物的建设项目，由县级以上人民政府责令拆除或者关闭。二、根据我部《关于答复全国集中式饮用水水源地环境保护专项行动有关问题的函》(环办环监函〔2018〕767号)有关要求，原住居民的非经营性新农村建设、安居工程建设项目，可以在饮用水水源二级保护区内保留，但产生的生活污水和垃圾必须进行收集处理。为上述情形配套建设的污染治理设施可以在饮用水水源保护区内保留，但处理后的污水原则上引到保护区外排放，不具备外引条件的，可通过农田灌溉、植树、造林等方式回用，或排入湿地进行二次处理。三、根据我部《关于答复2019年饮用水水源地环境保护专项行动有关问题的函》(环办执法函〔2019〕647号)有关要求，饮用水水源保护区内居住分散的原住居民和生活污水形不成地表径流的地区，可因地制宜采用三级化粪池、小型氧化塘、小型湿地、土地处理系统等技术和工艺处理处置产生的生活污水，确保不影响水源地水质。以上答复为当前阶段性的工作要求，供参考。若当地因地制宜提出更高的管控要求，请按照当地规定执行。
个人理解：从上述答复过程中，可以看出，对于原居民进行环境综合整治过程中，对于非经营性新农村建设、安居工程建设而配套建设的污染治理设施可以在饮用水源地保护区保留，这里不知道包不包括一级保护区，饮用水源地保护区包括一级保护区和二级保护区，这里提可以在饮用水源地保护区，个人理解为包含一级保护区，但是对于处理后的废水应该引到保护区外去排放，不能外引的，应该用于农灌。对于不形成地表径流的原住居民，建议采用三级化粪池、小型氧化塘、小型湿地等方式进行处理。
但是答复又明确表明为当前阶段性的工作要求，如果当地因地制宜提出更高要求，则按当地规定执行。
