复合膜的清洗，由于其对pH值与温度的高度稳定性，只要选择清洗工艺得当，即可以达到较好的清洗效果。如果未及时清洗，拖延太久，将很难彻底清洗干净。
有效的清洗是依据污垢的性质而选择适当的清洗药剂，错误选择清洗药剂将使污垢恶化，因此清洗前可根据下述几个方面弄清污垢种类：
应认真分析在此之前所记录的、能反映设备运行状况的近期设备运行记录资料以及以前清洗的检查结果;
反渗透装置与系统的配置和组合，原水化学成分分析;
SDI测定的过滤膜上的污垢分析;
5m过滤器滤芯上沉积物的分析;
检查给水管道内表面，打开压力容器端部观察在膜元件的进水端污垢的外状(如红棕色则可能是铁污垢，生物污垢或有机物通常为黏性胶状物)。
可用1/4英寸的PVC塑料管插入组件中测试组件不同部位的性能变化进行判断。
