2020年6月10日，国务院新闻办公室举行新闻发布会，《第二次全国污染源普查公报》在会议中公布。其中显示，在农业污染治理上，2007年—2017年，化学需氧量、总氮、总磷排放分别下降了19%、48%、25%，畜禽粪污综合利用率达到75%。 数据显示，农业农村部在果菜茶优势生产区的175个县开展有机肥替代化肥行动，集成推广了一批典型生产技术和运营模式；并在705个县实施畜禽粪污资源化利用行动，整县开展养殖粪污处理设施建设。
除此之外，目前在浙江、海南、安徽整省开展生态循环农业示范建设，全国创建了80个农村绿色发展先行示范区，长江经济带的8省53个县开展农业面源污染综合治理。
农业污染治理取得了不错的成绩。对于农业源来说，水资源投入仍处于高位，直接带来了较大的排放量。2017年我国用水总量逾6040亿立方米，其中农业用水占比达62%；同时，还有6022万吨的化肥施用量和250万吨的农药使用量，这所造成的污染也是不能忽视的。
与此同时，生态环境部副部长赵英民提醒道，农业源对水污染物排放贡献比较大，而且不同于过去传统的集中排放，这一污染污染源很多是无组织排放或面源排放，还面临着治理难度大、监管难度大等挑战。
也有业内人士指出，农业面源污染治理将成为未来水污染防治的主要方向，并表示有机肥推广使用将有利于这一污染的防治。有机肥种出的农产品口感佳，而且可以阻止生态环境的恶化，提高环境质量。
对此，农业农村部长韩长赋在会议中指出，有机肥替代化肥是方向，提倡各地要把污染防治放在重要位置，要坚持源头防治，调整农业投入结构，减少化肥农药使用量，增加有机肥使用量。
但当前有机肥推广使用还缺乏激励政策，对比化肥，有机肥存在生产成本、销售成本、劳动力成本较高等问题。在这一方面的完善突破就是接下来农业污染防治的一大重点。
另一个值得注意的是畜禽养殖场粪污造成的污染。畜禽粪尿如果不加以妥善处理和合理利用，污染物将对生态环境造成巨大的负面影响，同时有效利用和处理畜禽养殖场粪污，通过处理成为高效有机肥也是养殖场一大重要项目。
按照目标，到2020年，实现11万家大型规模养殖场粪污处理设施配套率达到100%，畜禽粪污的综合利用水平提高到75%以上。为全面推进畜禽养殖废弃物资源化利用，近日，农业农村部办公厅联合生态环境部办公厅印发《关于进一步明确畜禽粪污还田利用要求强化养殖污染监管的通知》，其中明确畜禽粪污还田利用标准，要求加强事中事后监管，完善粪肥管理制度，加快构建种养结合、农牧循环的可持续发展新格局。
有专业人士指出，面对新时代生态文明建设需求，建立农业面源污染监管体系，已是生态环境部门亟须解决的问题。在监管体制方面，当前在全国性农业环境监测方面仍存在与治管分离要求不一致的地方。
针对这一短板，我国在治理农业污染上要加强农业面源污染监测网络顶层设计和制度安排，研究确定并发布农业面源污染监测典型区域，明确各地农业面源污染监测重点任务；并根据不同流域(区域)农业面源污染排污现状及污染状况，构建长期管理与短期监测相协调、重点监管与全面监管相结合、源头控制与防止扩散相补充的农业面源污染监管体系。
