按照中央统一部署，中央第六生态环境保护督察组于2019年7月14日-8月14日对青海省开展了第二轮中央生态环境保护督察，2020年5月9日向青海省委、省政府反馈了督察意见。青海省委、省政府高度重视，针对督察指出的问题，坚持问题导向，组织制定《青海省第二轮中央生态环境保护督察反馈意见整改方案》（以下简称《整改方案》）。目前，《整改方案》已经党中央、国务院审核同意。
《整改方案》明确了4方面工作目标：生态环境质量持续改善。2020年底，全面完成污染防治攻坚战确定目标任务，全省环境空气质量优良天数比例达到85%以上，主要城市达到82%以上；国家考核断面地表水水质优良比例达到90%，湟水河出省境断面水质稳定达到Ⅳ类。2025年，生态环境质量持续稳中向好，全省环境空气、地表水、土壤环境等指标进一步趋优。高质量发展优势更加厚植。以“五个示范省”建设为契机，以“四种经济形态”为引领，增强生态产品供给能力，探索走出一条以生态优先、绿色发展为导向的高质量发展新路子。健全生态保护和修复制度，坚持山水林田湖草综合治理系统治理源头治理，全力推动黄河流域生态保护和高质量发展。整改任务按时保质完成。对照督察反馈意见梳理出的46项整改任务，2020年年底前完成20项，2021年年底前完成17项，2022年年底前完成6项，2023年年底前完成3项，确保按照时间节点取得明显成效。现代环境治理体系建立完善。着力构建现代环境治理体系，落实各类主体责任，形成长效治理机制。聚焦关键症结、建章立制，持续巩固深化督察成果。
《整改方案》列出了中央生态环保督察整改措施清单和青海湖生态环保专项督察整改措施清单，对46个问题逐一明确责任单位、整改目标、整改措施、整改时限，实行清单式管理、表格化调度、销号核备制度，要求完成一个核验一个、整改一个公开一个、办结一个销号一个。制定了五大类19方面的重点举措，明确了6方面保障措施，以木里矿区非法开采问题为镜鉴，以铁的决心、铁的手腕、铁的意志，不折不扣抓好督察反馈意见整改落实。
