生态环境部3月31日通报了全国医疗废物、医疗废水处置和环境监测情况，自1月20日以来，全国累计处置医疗废物20.7万吨。目前全国医疗废物处置能力为6094.1吨/天，疫情前是4902.8吨/天。其中，湖北省能力从疫情前的180吨/天提高到了667.4吨/天，武汉市从疫情前的50吨/天提高到了265.6吨/天。
为了消杀病毒，各地大量使用含氯消毒剂。数据显示，全国累计对饮用水源地开展监测24703次，未发现受疫情防控影响饮用水源地水质情况。对饮用水源地余氯监测4401次，余氯有检出177次，但浓度均低于自来水厂出水标准，即0.3毫克/升。湖北省累计对饮用水源地开展监测1226次，武汉是142次，水质均达到或优于Ⅲ类标准。
生态环境部表示，目前全国医疗污水处理平稳有序，均严格落实消毒措施。31个省(区、市)及新疆生产建设兵团现有定点医院2538家，集中隔离场所4783个，接收医疗污水的城镇污水处理厂2034座。通过排查累计发现346个问题，已全部整改完成。
